C’est le Concile de Trente (1545-1563) qui a décidé la création des séminaires. Ces écoles, dont le nom signifie étymologiquement « pépinières » devaient recevoir des jeunes gens donnant des signes de vocations ecclésiastiques, pour améliorer une formation intellectuelle et morale jugée insuffisante.
A Rouen, trois séminaires furent créés au 17e siècle :
- le séminaires de Joyeuse, du nom du cardinal qui en porta l’idée, accueillit les jeunes gens de familles nobles ou riches à partir de 1617.
- le séminaire des pauvres clercs, ouvert en 1680, était destiné aux jeunes gens de milieu modeste. Il s’installa en 1707 dans un immeuble situé au chevet de l’Église Nicaise.
- le séminaire St Vivien préparait les jeunes gens non formés dans les deux autres établissements à recevoir les Ordres sacrés par des retraites de quelques mois.
A la Révolution, les trois séminaires furent fermés. Le séminaire de Joyeuse fut annexé à l’école centrale de Seine Inférieure (futur lycée Corneille). Le séminaire St Vivien devient une prison puis une caserne.
Seul le séminaire St Nicaise rouvrit en 1805. Il assura la formation des futurs prêtres du diocèse pendant tout le 19e siècle, en dépit des difficultés dues aux changements politiques incessants.